Həbsxanadan qaçan Shredder dünyanı ələ keçirmək üçün alim Baxter Stockman və iki axmaq könüllü Bebop və Rocksteady ilə əl-ələ verir. Tısbağalar, maskalı qəhrəman Casey Jones və jurnalist April'ın köməyi ilə bu qrupu məğlub etməyə çalışarkən bu dəfə də Shredder ilə bənzər məqsədləri güdən ancaq ondan da güclü olan Krang ilə qarşılaşırlar.