Shung Tsung'un məğlubiyyəti ardından məğlubiyyəti həzm edə bilməyən Shung Tsung, Baraka'yı Wu Shi Akademiya'nı Tarkatan ordusu ilə əhatə etməsi üçün vəzifələndirir. Wu Shi Akademiya'da Earthrealm'ı qurtarmış Johnny Cage, Lui Kang, Kung Lao və Sonya Blade'in mükafat mərasimləri əsnasında Mühasirə başlayır. 4lük qrup Akademiyanı qoruyarkən Sonya Blade qaçırılır və bir çox Shaolin şagirdi öldürülür. Sağ çıxan Lui Kang və Kung Lao Raiden sayəsində Shao Kahn və Shung Tsung'un hizmətkarları Reptile, Baraka, Goro kimi döyüşçüləri məğlub edirlər. Sonunda Kitana və Raiden sayəsində Shung Tsung Foundry'de olur. Lui Kang və Kung Lao, Shao Kahn'ın qarşısını almaq üçün həm Shung Tsung'u, həm Kintaro'yu həm də Shao Kahn'ın məğlub edər və nəhayət Earthrealm xilas olar.