Ölümə məhkum edilmiş bir günahkar olan Callum Lynch, Abstergo Industries adında çox zəngin bir şirkət tərəfindən ələ keçirilir. Şirkətin böyük investisiya yatırdığı Animus layihəsnin məqsədi insanların atalarından qalan və genlərinə işləmiş xatirə və qabiliyyətlərini ortaya çıxarmaqdır. Callum Lynch, 15-ci əsr Suiqəsdçilər adıyla bilinən bir təşkilatın üzvü olan Aguilar de Nerha-nın qohumu olduğunu öyrənər. Bu əsnada genetik olan fövqəladə qabiliyyətləri ortaya çıxan Lynch, Suiqəsdçilərin o dövrdəki ən böyük düşmənlərinin günümüzdəki nümayəndələri ilə mübarizə aparmağa hazir vəziyətə gətirilir.